Ein Nachteil beim Laser cutting Verfahren ist, dass es teurer sein kann als andere Fertigungsverfahren, wie zum Beispiel das Stanzen oder Fräsen. Dies ist vor allem dann der Fall, wenn kleine Stückzahlen oder Teile mit sehr komplexen Formen und Geometrien produziert werden sollen. Auch die Anschaffungskosten für die Laser cutting Maschinen sind in der Regel hoch und es ist aufwendig, das Verfahren einzurichten und zu betreiben.
Ein weiterer Nachteil ist, dass das Laser cutting Verfahren nicht für alle Materialien geeignet ist. Einige Materialien sind für das Verfahren ungeeignet, weil sie entweder zu hart oder zu weich sind oder weil sie besondere Eigenschaften wie hohe Wärmeleitfähigkeit oder hohe Reflektivität aufweisen. Auch Materialien, die empfindlich gegenüber Wärme oder UV-Strahlung sind, können nicht mit einem Laserstrahl bearbeitet werden.
Schließlich kann das Laser cutting Verfahren auch zu Rauch und Schmutz führen, wenn das Material schmilzt oder verdampft. Dies kann besonders bei Materialien wie Kunststoffen oder Papier ein Problem darstellen und erfordert oft den Einsatz von Abluftsystemen, um den Rauch und den Schmutz zu entfernen.